然后，在现实中与尼奥去见机器大帝时，由于飞船坠毁，崔妮蒂被钢筋透体壮烈牺牲了，但是脑袋没破，这样精神与肉体被机器给捡了在黑客帝国4里，尼奥和崔妮蒂都被机器控制了，机器发现让他俩保持特定距离能够产生极为可观的。

黑客帝国讲的是在现实中生活的人类反抗组织的船长莫菲斯劳伦斯·菲什伯恩， 也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂凯莉·安·摩丝的指引下，两人见面了，尼奥也在莫菲斯的指引下，回到了。

实际上，整个黑客帝国2重装上阵是尼奥探寻自己使命背后真相的过程，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由在上集打败密探史密斯救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回。

矩阵”的计算机人工智能系统控制的，尼奥在一名神秘女郎崔妮蒂的引导下见到了黑客组织的首领墨菲斯，三人走上了抗争矩阵征途的故事以上内容参考百度百科黑客帝国。

黑客帝国4里面的矩阵和前三部的矩阵不是相同设定，要按照新矩阵的规则来推测设定围绕的是艺术表达，而非艺术表达围绕设定在新的矩阵中，是以尼奥和崔尼蒂两个人作为核心来启动的，所以崔尼蒂在新的矩阵中和尼奥一样都。

也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂凯莉·安·摩丝饰的指引下，两人见面了，尼奥也在墨菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵，这才了解到，原来他一直活在虚拟世界当中。

尼奥牺牲自己和病毒特工史密斯 史密斯本来是杀毒程序，在第一集最后被尼奥消灭后变异为病毒同归于尽，矩阵自身无法杀死病毒，设计师老人接受了尼奥的条件，换来了和平所以锡安最后没有灭亡仔细看，第三集最后部分。